Annette Winker beschäftigt sich sowohl mit der Klassischen als auch mit der Neuen Musik. Sie ist Fagottistin des Pocket Orchestra Freiburg, der Holst-Sinfonietta des Offenburger Ensambles und tritt im Duo mit dem Dirigenten und Pianisten Klaus Simon und als Solistin auf. Mehrere ihr gewidmete Werke brachte sie zur Uraufführung.

Durch Spartenübergreifende Zusammenarbeit, u. a. mit der bildenden  Künstlerin Brigitte Liebel, entstanden in neuerer Zeit  Performances mit Improvisationen auf dem Fagott, bei denen sie vorwiegend neue Spieltechniken des 20. und 21. Jahrhunderts verwendet.